Większa jej część porastają lasy iglaste - bory sosnowe i sosnowo-świerkowe. Występuje tu tzw. sosna mazurska - szybkorosnące drzewo osiągające 40 m wysokości. Drzewa liściaste (osiki, dęby, brzozy i buki) występują na północnych i południowych krańcach kompleksu.

Obecnie dominuje sosna, jednak w XIV w przeważały drzewa liściaste. Pod osady i uprawy karczowano coraz większe połacie lasu i sadzono handlowe drzewa iglaste. W XIX i XX w. było to przyczyną licznych klęsk owadzich oraz ogromnych zniszczeń spowodowanych huraganami. Do XVII w. można tu było spotkać wiele gatunków zwierząt: tury, żubry, niedźwiedzie i dzikie konie. Po roku 1945 dzięki introdukcji do tutejszych lasów powróciły bobry i łosie. Do rezerwatu w Puszczy Boreckiej sprowadzono stado żubrów, a w stacji hodowlanej w Popielnie można podziwiać koniki polskie. W puszczy możemy równiez spotkać wilki i rysie.